1.        Pengauditan Pengurusan/ Prestasi
Objektif pengauditan ini adalah untuk menilai keberkesanan, kecekapan, dan ketelusan operasi pengurusan serta kewangan bagi memastikan setiap program atau aktiviti FAMA dilaksanakan secara berhemat dan mencapai matlamat yang ditetapkan.

2.        Pengauditan Kewangan
Pengauditan ini bertujuan menilai sama ada pengurusan kewangan di pejabat-pejabat FAMA dilaksanakan mengikut undang-undang serta peraturan yang berkaitan. Tujuan pengauditan ini adalah untuk memastikan semua pembayaran adalah dibenarkan dan diperakaunkan dengan teratur, hasil dikenakan, dipungut dan diperakaunkan dengan betul serta harta/inventori disimpan, dikawal, diselenggara dan dilupuskan mengikut prosedur sepatutnya. Disamping itu, Audit Kewangan juga menentukan samada sistem perakaunan, dokumen dan rekod boleh menghasilkan maklumat yang tepat dan cepat untuk kegunaan pihak pengurusan atasan.

3.        Pengauditan Khas/ Siasatan
Cawangan Audit Dalam bertanggungjawab menjalankan siasatan berkaitan penyelewengan, kerugian urus niaga, wang awam serta aduan awam apabila diperlukan.