Bahagian Regulatori melalui penstrukturan semula organisasi FAMA memberi fokus ke arah pemasaran hasil pertanian negara yang berkualiti dan berjenama serta berdaya saing di pasaran tempatan dan antarabangsa. Kewujudan bahagian ini adalah selari dengan misi negara dalam menekankan kepada pertanian alaf baru yang merangkumi pengeluaran hasil pertanian yang berkualiti dan selamat.
Bahagian Regulatori terdiri daripada 2 Cawangan iaitu :-

1. Cawangan Kualiti & Standard
   • Unit Pusat Pemeriksaan Kualiti  Hasil Pertanian Fama Klia  Dan SRBRE
   • Unit Pembangunan Standard Dan Pelaporan
   • Unit Malaysia's Best & Inspektorat
      
2. Cawangan Kawalan-Perlesenan-Penguatkuasaan
   • Unit Kawalan
   • Unit Pelesenan
   • Unit Penguatkuasaan

Perlaksanaan aktiviti cawangan-cawangan ini adalah mengikut Akta 141 Lembaga Pemasaran Pertanian Persekutuan 1965 dan juga dibawah Peraturan-Peraturan Hasil Keluaran Pertanian  (Penggredan, Pembungkusan dan Pelabelan) 2008 atau Peraturan GPL.