Cawangan Audit Dalam Lembaga Pemasaran Pertanian Persekutuan (FAMA) telah diwujudkan pada tahun 1977. Cawangan ini sepertimana carta organisasi dari segi pentadbiran adalah bertanggungjawab membuat laporan kepada Ketua Pengarah manakala dari segi fungsi audit ianya bertanggungjawab kepada Jawatankuasa Audit Lembaga. Jabatan Perdana Menteri telah mengeluarkan Surat Pekeliling Am Bil.3 Tahun 1998 untuk memperkukuhkan lagi pelaksanaan unit audit dalaman di agensi kerajaan.

Bidang tugas Cawangan Audit Dalam Lembaga Pemasaran Pertanian Persekutuan meliputi semua cawangan, bahagian, pejabat FAMA negeri dan daerah di serta aktiviti-aktiviti yang dijalankan oleh Lembaga.